Projektą, kuris buvo padalintas į tris sub-dalis, įgyvendino Vokietijos kompanija Fugro-HGN GmbH (Waser-Boden-Umwelt). Pirmosios dvi projekto dalys susijusios su Kuršių marių (Lietuvos Respublikos ir Rusijos Federacijos teritorijos) ir Minijos upės baseino, trečioji – su Didžiulio ežero problemomis.
1. Medžiagų balansas ir transportas Kuršių mariose
Projekto tikslas - biogenų iš Lietuvos teritorijos ir Kaliningrado srities prinešimo (iš sutelktosios ir pasklidosios taršos šaltinių) į Kuršių marias bei Baltijos jūrą įvertinimas. Projekto metu, maistmedžiagių prinešimas/išnešimas buvo vertinamas remiantis prieinama informacija: monitoringo duomenimis, duomenimis apie nuotekų išleidimus ir pasklidąją taršą, debitų matavimų uosto akvatorijoje duomenimis. Gautus rezultatus galima naudoti rengiant tikslingas ir praktiškas priemones vandens kokybei gerinti.
2. Hidrogeofizikiniai tyrimai Malkų įlankoje
Uosto akvatorijoje Malkų įlankoje įsikūrusi laivų statykla "Western Shipyards", Klaipėdos konteinerių terminalas ir kitos įmonės. Tokiose technogeninėse zonose teršalai lengvai patenka į aplinką, kaupiasi užterštos dugno nuosėdos. Projekto tikslas - nustatyti teršalų sedimentaciją ir lokalizaciją dokų zonoje, tai leis įvertinti teršalų kaupimosi potencialą bei nustatyti reikalingas tvarkymo bei apsaugos priemones. Siekiant nustatyti esamo dumblo kiekį, pasiskirstymą ir storį, buvo atlikti hidrogeofizikiniai tyrimai.
3. Didžiulio ežero pilotinis projektas
Projekto tikslas - esamos būklės įvertinimas, jos palyginimas su etaloninėmis sąlygomis, trūkstamų duomenų identifikavimas, efektyvių ežero atstatymo priemonių pasiūlymas. Tyrimo metu buvo išanalizuoti prieinami duomenys, atlikti vandens apykaitos skaičiavimai, įvertintas maistmedžiagių prinešimas dėl paviršinio ir požeminio vandens nuotėkio (pasklidosios taršos modeliavimas, nustatant prietakos srautus). Taip pat atlikti specialūs vandens geofiziniai matavimai ir kontroliniai nuosėdų zondavimai. Įvertinus rezultatus, buvo pateiktos priemonės gerai būklei pagal Bendrąją vandens politikos direktyvą pasiekti.
Projekto trukmė – 2008-03/2009-11.