Vandens telkinių apsaugos juostų ir zonų nustatymo principus reglamentuoja Paviršinių vandens telkinių apsaugos zonų ir pakrančių apsaugos juostų nustatymo tvarkos aprašas, patvirtintas Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2001 m. lapkričio 7 d. įsakymu Nr. 540 „Dėl Paviršinių vandens telkinių apsaugos zonų ir pakrančių apsaugos juostų nustatymo tvarkos aprašo patvirtinimo“ (toliau – Tvarkos aprašas). Nuo 2018-12-29 įsigaliojo Tvarkos aprašo skyriaus „III. Apsaugos zonų nustatymas“ pakeitimai.
Vadovaujantis Tvarkos aprašo 10 punktu, apsaugos zonos plotis prilyginamas pagal Tvarkos aprašo skyriaus „II. Apsaugos juostų nustatymas“ reikalavimus nustatytam apsaugos juostos pločiui prie šių paviršinių vandens telkinių: ežerų ir tvenkinių, kurių plotas ne didesnis kaip 2 ha; visų kanalų. Nuo 2018-12-29 Tvarkos aprašo 10 punktas papildytas, nurodant, kad šio punkto nuostatos netaikomos rekultivuotiems į vandens telkinius karjerams.
Vadovaujantis Tvarkos aprašo 11 punktu, apsaugos zonos plotis prilyginamas pagal Tvarkos aprašo skyriaus „II. Apsaugos juostų nustatymas“ reikalavimus nustatytam apsaugos juostos pločiui šiais atvejais:
miško žemėje prie šių paviršinių vandens telkinių: ežerų ir tvenkinių, kurių plotas mažesnis kaip 50 ha; tvenkinių, upių, kurių ilgis ≤ 10 km;
miestų ir miestelių teritorijose prie visų paviršinių vandens telkinių.
Nuo 2018-12-29 Tvarkos aprašo 10 punktas papildytas, nurodant, kad prie rekultivuotų į vandens telkinius karjerų apsaugos zonos plotis prilyginamas pagal Tvarkos aprašo skyriaus „II. Apsaugos juostų nustatymas“ reikalavimus nustatytam apsaugos juostos pločiui.
Vadovaujantis Tvarkos aprašo 13 punktu, prie trumpesnėse kaip 5 km ilgio upėse esančių sureguliuotų ruožų (kai jų ilgis ≥ 100 m) ir šiuose ruožuose įsiterpusių nesureguliuotų ruožų (kai jų ilgis ≤ kaip 100 m) apsaugos zonos plotis prilyginamas pagal Tvarkos aprašo skyriaus „II. Apsaugos juostų nustatymas“ reikalavimus nustatytam apsaugos juostos pločiui. Šio punkto nuostatos netaikomos iš ežerų ištekančių upių sureguliuotuose ruožuose ir kai šie ruožai patenka į valstybinių parkų, valstybinių bei savivaldybių draustinių arba biosferos rezervatų teritorijas.
Teritorijų planavimo dokumentų rengėjai dažnai kelia klausimą dėl Tvarkos aprašo 9.1 papunkčio ir 11 punkto nuostatų taikymo, kai žemės sklypas yra miesto teritorijoje. Nustatant vandens telkinių apsaugos zonas, būtina įvertinti visus Tvarkos aprašo skyriaus „III. Apsaugos zonų nustatymas“ reikalavimus. Tvarkos aprašo 9.1 papunkčio ir 11 punkto nuostatos viena kitą papildo ir turi būti taikomos, įvertinus konkrečiai teritorijai taikomus teritorijų planavimo ir (ar) kitus galiojančius dokumentus. Pagrindiniai kriterijai, nuo kurių priklauso vandens telkinių apsaugos zonos plotis, nustatyti Tvarkos aprašo 9 punkte ir jo 9.1, 9.2 ir 9.3 papunkčiuose, Aprašo 10, 11, 12 ir 13 punktuose nustatytos papildomos aplinkybės, dėl kurių vandens telkinių apsaugos zonos plotis gali keistis. Pavyzdžiui, vandens telkinių apsaugos zonos plotis prilyginamas pakrantės apsaugos juostos pločiui prie miško žemėje esančių 10 km ir trumpesnių upių, prie iki 50 ha ploto ežerų ir tvenkinių, prie visų paviršinių vandens telkinių miestų ir miestelių teritorijose, prie į vandens telkinius rekultivuotų karjerų.
